En sus clases trataba los temas de mayor actualidad y a ellas asistían tanto los estudiantes como los profesores. Su capacidad docente era extraordinaria, sus alumnos le admiraban tanto que le llamaban «el maestro» y hasta los hombres de gobierno acudían a él para pedirle consejo. Fundó la famosa Escuela de Salamanca, a la que pertenecieron influyentes juristas y teólogos de la talla de Melchor Cano, Domingo Báñez, Domingo de Soto o Francisco Suárez. Es considerado el padre del derecho internacional moderno y el principal defensor de los derechos humanos de los indios americanos.

Durante los veinte años que pasó en Salamanca, afrontó los mayores desafíos intelectuales de su época renovando métodos y temáticas, y originando una verdadera corriente de pensamiento teológico-jurídico destinada a tener enorme repercusión. Su obra gira en torno a la dignidad y los problemas morales de la condición humana. Fue especialmente influyente por sus aportaciones jurídicas, aunque también tuvieron gran repercusión sus estudios sobre teología y sobre aspectos morales de la economía. Sus enseñanzas se han conservado en trece relecciones —lecciones solemnes— dedicadas, entre otros temas, al homicidio, al matrimonio, a la potestad civil y eclesiástica, a las relaciones entre el Concilio y el Papa, a la guerra justa o a los conflictos originados por el Descubrimiento de América, la incorporación de aquellos territorios a la Corona Española y la paz y el respeto en las relaciones con los indios. Junto con estas relecciones, redactadas y publicadas por sus discípulos, se han conservado también otros escritos.

Como decía uno de sus mejores discípulos: podrían, algunos, saber más que él pero ni diez juntos enseñaban como él. Su pensamiento ha tenido una grandísima influencia y aún conserva su actualidad. Siguiendo su ejemplo, el quehacer de la UFV se resume en investigación, docencia y servicio a la sociedad, y muchas de sus cualidades inspiran hoy nuestra labor diaria: fortaleza, rigor científico, amplitud de miras, respeto por todo y por todos y una gran pasión por la búsqueda de la verdad y la defensa de los derechos del ser humano.